Nachdem zunächst vor allem Basler Grossbürger von ihren Reisen völkerkundliche Sammlungen in ihre Heimatstadt brachten, wurde die Ethnographie zunehmend zum wissenschaftlichen Forschungsgegenstand. Forscher wie Fritz und Paul Sarasin, Felix Speiser und Paul Wirz trugen in den kommenden Jahrzehnten zur Vergrösserung der Sammlung bei. Über Generationen entstanden so Basler Sammlungsschwerpunkte etwa zu Melanesien und Indonesien.
1892 wurde eine eigene Kommission für die Ethnographische Sammlung gegründet, 1917 die völkerkundliche Sammlung zum selbständigen Museum erhoben. Bereits 1904 war die Gründung einer eigenen Abteilung für Volkskunde erfolgt, welche seit den 1950er Jahren über eigene Ausstellungsräumlichkeiten verfügte.
1944 erhielten die völkerkundlichen und volkskundlichen Sammlungen den offiziellen Titel «Museum für Völkerkunde und Schweizerisches Museum für Volkskunde». Mehr als fünfzig Jahre blieb dieser Name bestehen, bis 1996 die Neubenennung in «Museum der Kulturen» nach aussen hin vollzog, was schon lange als Leitlinie des Museums galt. Denn das Museum, welches keine koloniale Vergangenheit hat, pflegte schon früh den partnerschaftlichen Austausch zwischen den Kulturen – an die Stelle des Erforschens und Vermittelns «fremder Völker» war schon lange der interkulturelle Dialog getreten. Einen Höhepunkt in der Museumsgeschichte stellte der Besuch des Dalai Lama im Mai 2001 zur Eröffnung der Ausstellung «Tibet. Buddhas, Götter, Heilige» dar.
Umfangreiche bauliche Erneuerungen prägten das Museum zwischen 1978 und 1986. Nach mehr als 150 Jahren Museumspräsenz an der Augustinergasse wirft eine grundlegende räumliche Neuausrichtung des Museums ihre Schatten voraus: Im Zusammenhang mit dem geplanten
Museumsanbau von Herzog & de Meuron befindet sich der Museumseingang seit dem 19. Januar 2007 neu direkt am Münsterplatz.
Museumsanbau